Mané debutó como técnico en Primera en la campaña 1993-94 al frente de un sorprendente Lleida, que se impuso al Barça y al Real Madrid, pero que, sin embargo, no fue capaz de mantener la categoría. La época dorada del preparador vizcaíno en la máxima categoría del fútbol español fue entre las campañas 1998-99 y 2002-03, cuando dirigía al Alavés. El de Balmaseda convirtió al equipo vitoriano en una de las revelaciones del campeonato liguero. 183 encuentros dirigió al equipo vasco.
El siguiente equipo de Mané fue el Atlhetic de Bilbao, al que llegó una vez comenzada la Liga y con el objetivo de salvarlo del descenso. El vasco estuvo al frente del equipo 26 partidos y logró la permanencia. En los 250 partidos que suma en Primera, Mané ha conseguido ganar 82 de ellos, con 55 empates y 113 derrotas. En total, ha sumado 294 puntos en la máxima categoría. Mané lleva tres partidos al frente del conjunto españolista y sólo ha sido capaz de sumar un punto.
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